Berdiri tanggal 01 Maret 1966 sebagai Klinik dan Rumah Bersalin di kota Bantul, kemudian seiring perkembangan zaman di tahun 1984 klinik mengembangkan diri menjadi Rumah Sakit Khusus Ibu dan Anak dengan Surat
Keputusan Ijin Kanwil Depkes Propinsi DIY no 503/1009/PK/IV/1995. Hingga pada tahun 2001 berubah status menjadi Rumah Sakit Umum PKU Muhammadiyah Bantul dengan diterbitkannya ijin operasional dari Dinas Kesehatan No : 445/4318/2001. Saat ini RSU PKU Muhammadiyah Bantul telah mendapatkan akreditasi Rumah Sakit Versi 2012 dari KARS dengan predikat Paripurna.
