Rumah Sakit PELNI didirikan sejak tahun 1918 oleh arsitek kelahiran Tulungagung berkewarganegaraan Belanda, yakni Frans Johan Louwrens Ghijsels, di mana saat itu bernama KPM Ziekenhuis (rumah sakit KPM) yang khusus beroperasional melayani anak buah kapal dan keluarga dari sebuah perusahaan pelayaran Belanda.
Setelah Indonesia merdeka, KPM Ziekenhuis melakukan perubahan bersamaan dengan nasionalisasi aset KPM menjadi Pelayaran Nasional Indonesia, baik dari sisi nama menjadi Rumah Sakit PELNI, penambahan fasilitas, sumber daya manusia dan segmen pasien yang dilayani.
Pada 2014, melalui program Jaminan Kesehatan Nasional, Rumah Sakit PELNI menjadi pionir rumah sakit BUMN anak perusahaan PT PEL.
Adapun layanan unggulan yang disediakan rumah sakit ini, meliputi Jantung dan Pembuluh Darah, Kedokteran Umum, serta Ginjal dan Saluran Kemih.
