Seperti yang telah dijelaskan di atas, kutil kelamin menular melalui hubungan seksual. Oleh sebab itu, cara paling efektif untuk mencegah penyakit ini adalah dengan melakukan hubungan seks yang aman, seperti:
- Tidak berganti-ganti pasangan seksual
- Menggunakan kondom setiap berhubungan seks
- Tidak berbagi pakai alat bantu seks (sex toys)
- Tidak berhubungan seks dengan seseorang yang tidak diketahui riwayat seksualnya
Selain dengan melakukan upaya di atas, kutil kelamin juga bisa dicegah dengan menjalani vaksinasi HPV. Vaksin HPV diberikan 2–3 kali pada orang yang belum aktif secara seksual, yaitu pada usia 10–18 tahun.
Penelitian menunjukkan bahwa pemberian vaksin pada usia yang dianjurkan lebih efektif mengurangi risiko terjadinya kutil kelamin.