Dokter akan menanyakan gejala yang dialami dan kapan gejala muncul, dilanjutkan dengan melakukan pemeriksaan fisik. Dokter juga akan menanyakan apakah pasien tinggal di daerah yang banyak kasus malaria, atau baru saja bepergian ke daerah tersebut.
Guna memastikan diagnosis malaria, dokter akan melakukan pemeriksaan darah yang disebut tes diagnostik cepat malaria (RDT malaria). RDT malaria bertujuan untuk mendeteksi protein (antigen) yang menjadi tanda keberadaan parasit malaria. Hasil tes ini dapat diketahui dalam beberapa menit.
Tidak cukup dengan pemeriksaan RDT saja, dokter juga akan melakukan pemeriksaan darah di bawah mikroskop, untuk melihat keberadaan parasit dan membedakan jenis malaria. Sampel darah bisa diambil lebih dari sekali dan diambil ketika keluhan timbul.
Dokter juga dapat melakukan tes darah lain, seperti uji fungsi hati atau fungsi ginjal, untuk mengetahui apakah malaria menyebabkan komplikasi ke organ lain.