Jika tidak ditangani, lupus dapat menyebabkan beragam komplikasi, seperti:
- Kerusakan ginjal, salah satunya berujung pada gagal ginjal
- Gangguan pada sistem saraf atau otak, misalnya kejang
- Gangguan pada darah, seperti peradangan pembuluh darah (vaskulitis)
- Gangguan pada paru-paru, seperti pleuritis
- Gangguan pada jantung, seperti perikarditis
- Rentan mengalami penyakit infeksi
- Avaskular nekrosis atau kematian jaringan tulang
Penderita lupus harus berkonsultasi dulu dengan dokter sebelum merencanakan kehamilan, karena lupus dapat menyebabkan komplikasi pada kehamilan, seperti keguguran, kelahiran prematur, preeklamsia, dan gangguan jantung pada janin.
Selain akibat penyakitnya sendiri, pengobatan lupus juga dapat menyebabkan komplikasi. Pengobatan jangka panjang dengan kortikosteroid dapat meningkatkan risiko terjadinya infeksi, osteoporosis, dan sindrom Cushing.